De igual manera, el Museo es el custodio y el encargado de inventariar, preparar y mantener la Colección Nacional de Diversidad Biológica, que se encuentra en sus depósitos y que consta de: a) material petrológico que comprende una variedad de rocas y minerales de nuestro territorio; b) paleontología, que comprende tres grandes grupos de elementos fosilizados, son paleobotánica (muestras de plantas fosilizadas), paleontología de invertebrados (muestras de animales marinos e insectos en general) y paleontología de vertebrados; c) malacología, invertebrados marinos y terrestres; d) entomología, muestras de insectos de todos los órdenes; e) ictiología, muestras de peces; f) herpetología, muestras de anfibios y reptiles de todos los órdenes; g) mastozoología, pieles y cráneos de mamíferos nativos; h) ornitología, pieles de aves, nidos y huevos; i) herbario, comprende tres grandes grupos: la arpoteca (muestras de frutos y semillas), xiloteca (muestras de troncos de los árboles) y herbario en general.
وبالإضافة إلى قيامه بدور القيّم، فهو مسؤول كذلك عن تجميع وجرد وصون المجموعة الوطنية للتنوع البيولوجي المحفوظة في مرافق التخزين؛ وهذه المجموعة تتألف من: (أ) مواد صخرية، بما في ذلك تنويعة من الأحجار والمعادن التي وجدت في السلفادور؛ (ب) مواد الحفريات القديمة، بما في ذلك ثلاث مجموعات كبيرة من المستحجرات: زراعات صخرية (عينات من الزراعات المتحجرة)؛ اللافقريات الصخرية (عينات من الحيوانات والحشرات البحرية)؛ الفقريات الصخرية؛ (ج) مواد رخوية (لا فقريات بحرية وأرضية)؛ (د) مواد حشرياتية (عينات من الحشرات من جميع الأشكال)؛ (ﻫ) مواد سمكية (عينات من الأسماك)؛ (و) مواد متعلقة بعلم الزواحف (عينات من الحيوانات البرمائية والزواحف من جميع الأنواع)؛ (ز) مادة عضوية حيوانية (جلود وجماجم الثدييات المحلية)؛ (ح) مواد متعلقة بعلم الطيور (طيرية) (جلود الطيور، الأوكار والبيض)؛ (ط) مواد نباتية في ثلاث مجموعات كبيرة: الثمار (عينات من الفواكه والبذور)؛ الأخشاب (عينات من جذوع الأشجار)؛ ونباتيات عامة.